Le Secrétaire Général est choisi parmi les personnalités reconnues pour leur compétence en matière juridique, administrative. Il est nommé par décret du Président du Conseil National pour la Sauvegarde de la Patrie (CNSP), chef de l’Etat.

Le Secrétaire Général assure, sous l'autorité du Président, le fonctionnement du greffe central et des services administratifs. Le Président de la Cour des comptes peut, sauf pour les décisions et arrêts rendus sous sa présidence, lui déléguer par arrêté, sa signature. Le Secrétaire Général certifie les expéditions des arrêts et des ordonnances et en assure la notification. Il délivre et certifie extraits et copies des actes intéressant le fonctionnement de la Cour. Il peut déléguer à cet effet sa signature au chef de service responsable du greffe central.

Le Secrétaire Général assiste aux réunions du Bureau de la Cour des Comptes. 

Les autres attributions du Secrétaire Général de la Cour des Comptes et les modalités de fonctionnement des Services Administratifs et Techniques sont fixés par décision du Président de la Cour des Comptes.