Le Secrétaire Général est choisi parmi les magistrats les plus anciens ou parmi les personnalités reconnues pour leur compétence en matière juridique, administrative relevant de la catégorie A1 du Statut Général de la Fonction Publique de l’État ou d’une catégorie assimilée et ayant au moins quinze (15) ans d’ancienneté dans leur corps d’origine. Il est nommé par décret du Président de la République sur proposition du Ministre en charge de la Justice.
Le Secrétaire Général assure, sous l'autorité du Premier Président, le fonctionnement du greffe central et des services administratifs. Le Premier Président peut, sauf pour les décisions et arrêts rendus sous sa présidence, lui déléguer par arrêté, sa signature. Le Secrétaire Général certifie les expéditions des arrêts et des ordonnances et en assure la notification. Il délivre et certifie extraits et copies des actes intéressant le fonctionnement de la juridiction. Il peut déléguer à cet effet sa signature au chef de service responsable du greffe central.
Le Secrétaire Général assiste aux réunions du Bureau de la Cour des Comptes.
Les autres attributions du Secrétaire Général de la Cour des Comptes et le fonctionnement du Service Administratif et Technique sont précisés par décisions du Premier Président de la Cour des Comptes.